Ein seltsamer Meteorit ist auf der Erde gelandet, dessen Strahlung Pflanzen und Tiere mutieren lässt. Die Pflanzenüberwucherung nimmt so starke Ausmaße an, dass du als Polizist zur Evakuierung der bereits zerstörten Stadt zu Hilfe gerufen wirst.

Drei Männer, Freunde seit der Kindheit, bekleiden wichtige Ämter in ihrer Gemeinde: Professor, Bürgermeister, Banker ... Als ein Meteor nicht allzu weit von der Stadt auf die Erde fällt, stellt Professor Gustav fest, dass der Meteorit eine Art unbekannter Energie in sich birgt. Er startet eine Reihe von Experimenten ohne Erlaubnis des Bürgermeisters. Finanziert durch den Bankier, baut der Professor eine Maschine, die zur Folge hat, dass die Energie des Meteors außer Kontrolle gerät. Die Stadt steht vor der Zerstörung und Pflanzen und Tiere beginnen zu mutieren. Die Bürger werden evakuiert, doch die Retter konnten zwei Kinder nicht finden. In "Questerium - Sinister Trinity" übernimmst du die Rolle eines Ermittlers, der angeheuert wurde, um die bösartige Maschine zu zerstören sowie die zurückgelassenen Kinder und die Stadt zu retten und den Professor zu verhaften.