Die Abenteuer von Professor Layton uns seinem Lehrling Luke gehen in die dritte Runde. Dieses Mal werden sie mit den rätselhaften Geheimnissen des Zeitreisens konfrontiert.

Professor Layton und Luke erhalten einen verwirrenden Brief, der von Luke geschrieben wurde, doch von dem Luke, der 10 Jahre weiter in der Zukunft lebt. Dies alleine ist schon verwirrend genug, doch die Nachricht an sich übersteigt alles noch. Das London der Zukunft ist in Unordnung geraten. Nur Professor Layton ist in der Lage, die Dinge wieder gerade zu rücken.