In "Subject 13" übernimmst du die Rolle von Franklin Fargo, einem Professor der Physik. Franklin führt ein einsames und verbittertes Leben seit Sophie, seine Verlobte, bei einem Raumüberfall ums Leben gekommen ist. Eines morgens warcht er in einem verlassenen, unterirdisch gelegenen wissenschaftlichen Labor auf. Eine ihm unbekannte Stimme ist seine einzige Verbindung zur Außenwelt. Diese Stimme nennt ihn immer "Subject 13". Sein Ziel ist es, den Ort, an dem er gefangen gehalten wird, zu verlassen und den Grund seiner Gefangennahme herauszufinden.